Se puede manejar y desactivar desde el Operation Navigator ese software (hablo de la versión que existe para 5.2 no he probado las siguientes) desde donde puedes gestionar todo tu servidor a golpe de ratón y que para funcionar medianamente mal necesita un 1gb de RAM, algo hoy en día normal pero no tanto cuando apareció.
Para los que no os guste ese maravilloso entorno de ventanas o simplemente trabajéis con un S.O cliente que no sea del imperio (hay gente que no puede vivir sin su mac, su linux incluso su BSD) también se puede manejar desde nuestra emulación de terminal con los siguientes mandatos.
CHGFTPA cambiar atributos de FTP
Aquí además de trabajar con muchos parámetros interesantes, para el caso que nos ocupa tendremos que decir *NO en la opción Arrance Automático de Servidores (AUTOSTART) de esta forma si hacemos IPL no se arrancaran de forma automática junto con el TCP.
STRTCPSVR arrancar servidor TCP/IP
Desde aquí podemos arrancar los servicios relacionados con el tcpip, para el ftp simplemente pondremos como parámetro *FTP.
ENDTCPSVR parar servidor TCP/IP
Una vez que dejamos de necesitar tener activo el servidor lo paramos, como parámetro volvemos a ponerle *FTP